Thực tế không phải doanh nghiệp nào cũng thuận lợi trong việc triển khai, áp dụng hệ thống lương 3P, thậm chí còn cảm thấy lúng túng, gặp nhiều khó khăn, bất ổn. 5 trở ngại dưới đây thường xuất hiện trong bối cảnh doanh nghiệp chưa sẵn sàng, chưa được chuẩn bị kỹ hay triển khai hệ thống quản lý lương 3P một cách máy móc và thiếu cân nhắc.